Saat ini, Universitas memiliki 8 (delapan) Fakultas dengan 45 (empat puluh lima) Jurusan/Program Studi dan 3 (tiga) Pendidikan Profesi serta Program Pascasarjana dengan 11 (sebelas) program magister dan 6 (enam) program doktor:
1. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
- Jurusan Pendidikan Agama Islam
- Jurusan Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial
- Jurusan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Jurusan Pendidikan Bahasa Arab
- Jurusan Pendidikan Islam Anak Usia Dini
- Jurusan Manajemen Pendidikan Islam
- Jurusan Tadris Bahasa Inggris
- Jurusan Tadris Matematika
2. Fakultas Syari’ah
- Jurusan Keluarga Islam
- Jurusan Hukum Ekonomi Syari’ah
- Jurusan Hukum Tata Negara
- Jurusan Ilmu al-Qur'an dan Tafsir
3. Fakultas Humaniora
- Jurusan Bahasa dan Sastra Arab
- Jurusan Sastra Inggris
4. Fakultas Psikologi
Jurusan Psikologi
5. Fakultas Ekonomi
- Jurusan Manajemen
- Jurusan Akuntansi
- Jurusan Perbankan Syari’ah
6. Fakultas Sains dan Teknologi
- Jurusan Matematika
- Jurusan Biologi
- Jurusan Fisika
- Jurusan Kimia
- Jurusan Teknik Informatika
- Jurusan Teknik Arsitektur
- Jurusan Perpustakaan dan Sains Informasi
7. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan
- Jurusan Pendidikan Dokter
- Jurusan Profesi Dokter
- Jurusan Farmasi
8. Pascasarjana
- Magister Manajemen Pendidikan Islam
- Magister Pendidikan Bahasa Arab
- Magister Studi Ilmu Agama Islam
- Magister Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Magister Pendidikan Agama Islam
- Magister al-Ahwal al-Syakhsiyyah
- Magister Ekonomi Syariah
- Magister Bahasa dan Sastra Arab
- Magister Pendidikan Matematika
- Magister Biologi
- Magister Psikologi
- Doktor Manajemen Pendidikan Islam
- Doktor Pendidikan Bahasa Arab
- Doktor Pendidikan Agama Islam Berbasis Studi Interdisipliner
- Doktor Hukum Keluarga Islam
- Doktor Ekonomi Syariah
- Doktor Studi Islam