Gagasan Pendirian lembaga yang disebut dengan Markaz al-ulum al-Qur'an wa al-lughah al-Arabiyah as-Sudan di UIN Malang sebenarnya datang dari Presiden Republik Sudan, ketika Kepala Negara ini menerima kunjungan Menteri Agama Republik Indonesia dan Rektor UIN Malang di Sudan. Oleh karena rencana semula mendirikan Universitas Islam Indonesia Sudan di Malang gagal, Presiden Republik Sudan menyarankan agar kerjasama dilanjutkan, sekalipun kerjasama itu tidak berupa membangun perguruan tinggi bersama, tetapi menggantikannya dengan membangun pusat studi tersebut.
Presiden Republik Sudan ketika menerima kunjungan Menteri Agama Republik Indonesia tersebut menginginkan agar hubungan antara Sudan dan Indonesia terus berlangsung. Bahkan ketika itu, agar markaz yang dimaksud dapat berkembang sebagaimana diharapkan, Presiden Republik Sudan sanggup membantu dengan cara mengirim beberapa guru besar untuk dipekerjakan di institusi yang akan dikembangkan tersebut. Bahkan Presiden Republik Sudan, menginginkan agar Markaz al-Ulum al-Qur'an wa Lughoh al-Arabiyah as-Sudan mendatang, menjadi penerus gerakan yang telah dirintis oleh Syekh Ahmad Syurkathi, seorang ulama' Sudan, yang telah merintis lembaga pendidikan al-Irsyad di Indonesia. Presiden Sudan berharap agar pusat studi tersebut menjadi Syekh Ahmad Syurkati Two.
Sejak rencana pendirian Markaz al-Ulum al-Qur'an wa al-Lughotul al-Arabiyah as -Sudan disepakati dan bahkan memperoleh dukungan dari Presiden Sudan, pihak UIN Malang menyediakan fasilitas yang diperlukan. Selanjutnya, Menteri Pendidikan Tinggi Sudan berkoordinasi dengan beberapa perguruan tingginya, mengirim tenaga dosen dan guru besarnya ke UIN Malang. Pada saat itu, dikirim dari Sudan sejumlah 5 orang bergelar Doktor dan Profesor dalam bidang Bahasa Arab, Ilmu al Qur'an, dan ekonomi Islam. Mendasarkan pada semangat kerjasama dimaksud, pihak Sudan membiayai tenaga dosen dan Guru besarnya bekerja di Indonesia, sementera pihak UIN Malang diharapkan menyediakan fasilitas perumahan, beaya kesehatan, dan sejenisnya yang diperlukan.
Setelah berjalan sekian lama, keberadaan Markaz a-Ulum al-Qur'an wa al-Lughoh al-Arabiyah as-Sudan ternyata berhasil memberi sumbangan pada pengembangan Bahasa Arab dan kajian Islam, tidak saja bagi UIN Malang, terutama dalam pengembangan program magister dan Doktor, tetapi juga dimanfaatkan oleh perguruan tinggi Islam lainnya di beberapa daerah dan bahkan juga banyak pondok pesantren. Akhirnya, nama Sudan menjadi dikenal terutama di lembaga pendidikan Islam secara luas.
Guru besar dan dosen dari Sudan yang berada di UIN Malang seringkali diundang untuk memberi kuliah tamu, pelatihan, dan juga seminar di beberapa tempat. Oleh karena itu, keberadaan para guru besar dari Sudan menjadi dikenal secara luas. Mereka itu sedemikian mudah beradaptasi dengan para pimpinan perguruan tinggi dan juga di kalangan pesantren di Indonesia, oleh karena kedua belah pihak ---Indonesia dan Sudan, memiliki kesamaan dalam memahami agama. Guru besar dari Sudan dipandang memiliki kesamaan dengan ulama' Indonesia, yaitu sebagai ahlu sunnah waljama'ah. Itulah kelebihan para dosen dari Sudan dibandingkan dengan dari negara Arab lainnya.
Lebih menggembirakan lagi dari kerjasama tersebut kemudian berlanjut dengan bentuk kerjasama lainnya, yaitu antara perguruan tinggi di Sudan dengan beberapa perguruan tinggi lainnya di Indonesia. Misalnya, dengan Universitas Samarinda, IPB, dan lainnya. Selain itu, mengetahui bahwa beberapa perguruan tinggi di Indonesia tampak lebih maju, maka mulai banyak mahasiswsa Sudan datang belajar ke Indonesia. Sekarang ini jumlah mahasiswa yang berasal dari Sudan belajar di UIN Malang. Padahal harus diakui bahwa sebelum terjadi kerjasama tersebut, mahasiswa Indonesia saja yang belajar ke Sudan, dan sebaliknya, tidak ada mahasiswa Sudan yang belajar ke Indonesia. Wallahu a'lam